В шести залах Музей собрал различные тематические экспозиции: археологии, этнографии, геологии, природы и истории развития края. Экспозиция зала природы и археологии охватывает колоссальный временной отрезок с периода формирования ландшафта края более десяти тысяч лет назад и до середины XVI века — момента присоединения Казанского ханства к Московскому княжеству.
В большом зале «Колесо истории» последовательно представлены исторические этапы, а в центре зала портретная галерея исторических личностей, уроженцев Елабуги и знаменитостей, чьи имена связаны с историей города.
В зале «Уездный город» размещен электронный макет Елабуги заповедной, со зданиями-памятниками и информацией о них. Памятники федерального, республиканского и местного значения на макете подсвечиваются разными цветами, а на экране по запросу проектируется информация по каждому зданию. На большом проекторе в режиме нон-стоп демонстрируется история развития и роста города Елабуга с XVI века до современности.