Строительство колокольни было начато в 1889 году на средства и по подряду известного казанского благодетеля и мецената купца Михаила Тимофеевича Атлашкина, прах которого покоится на монастырском кладбище (умер в 1901).
По преданию, настоятель монастыря, игумен Вениамин давно планировал перестройку башни, однако он не был полностью уверен в необходимости этого строительства, а также не имел достаточно средств на него. Не имея никого, к кому было бы обратиться за советом, решил спросить у первого встретившегося младенца: строить ему колокольню или нет? Пройдя около версты, встретил женщину с маленькой девочкой. Когда они приблизились к нему, он, благословив их, спрашивает девочку:
- Как тебя зовут? - Та отвечает:
- "Мася"
- Сколько тебе лет? - Она ответила, что ей чуть ли не 30 миллионов лет, а мать сказала, что ей около четырёх лет.
- Ну, хорошо, так скажи мне: строить мне колокольню или нет?
- Штрой (т.е. строй).
- Спаси тебя Господи, деточка, - сказал отец игумен и возвратился в обитель. В этот же день приказал он нанимать рабочих, приготовлять леса и вообще сделал надлежащие распоряжения. На следующий день к из Казани нему приехал М. Т. Атлашкин и говорит:
- Вот, Батюшка, явилась у меня мысль пожертвовать вам в обитель заготовленный у меня кирпич - один миллион штук, только смущаюсь я тем, что вам некуда будет употребить.
На что отец гумен ответил:
- Спаси Вас Господи, ведь я начал строить колокольню, и кирпич очень нужен.
- Ну вот и слава Богу, - ответил Михаил Тимофеевич, так я вам сегодня же начну перевозить кирпич...
И 14 сентября 1891 года в день празднования Воздвижения Креста на новую колокольню поднимали крест. В 1903 году престол надвратной церкви был освящён в честь Архистратига Божия Михаила, в память р.Б. Михаила Атлашкина, который был известным благодетелем не только Раифской обители, но многих других монастырей и приходских храмов.