Шихабутдин Марджани родился 16 января 1818 года в селе Ябынчи, нынешнего Атнинского района Республики Татарстан.
Образование получил в медресе деревни Ташкичу Казанского уезда, Бухаре и Самарканде. В семнадцатилетнем возрасте он начинает преподавать в медресе и, будучи неудовлетворённым учебником морфологии персидского языка, составляет свой. В 1838 году Марджани отправляется в Бухару для продолжения образования, а затем переезжает в Самарканд. В 1848 году, после одиннадцатилетнего отсутствия, с новым багажом знаний Марджани возвращается на родину и в марте 1850 года назначается имамом-мударрисом 1-й Казанской мечети. В 1867 году Оренбургское магометанское духовное собрание назначило Марджани на должность ахуна и мухтасиба Казани, что явилось несомненным признанием его деятельности со стороны руководства мусульман. С официальными светскими властями у Марджани также устанавливаются позитивные контакты. Он выполняет отдельные поручения казанской губернской власти: следит за изданием текста Корана в казанской типографии; организует сбор денег для кавказских народов, пострадавших от землетрясения; составляет отчёты о рождении, бракосочетании и смерти мусульман для государственных учреждений; участвует в судебных заседаниях при произнесении клятв мусульманами. Со временем имя Марджани становится известным далеко за пределами Казани: в 1870 году выходит в свет его книга «Назратуль-хакк», с новыми для того времени и его родной среды религиозно-реформаторскими идеями, принёсшая автору широкую известность не только на родине, но и на всём мусульманском Востоке.Шигабутдин Марджани похоронен на Ново-Татарском кладбище в Казани.