Уже в начале XIX века на городском кладбище была небольшая Ильинская церковь, приписанная к Никольскому собору.
Именно вокруг этой церкви возникла в 1840-е годы женская община, из которой позже вырос Пророко-Ильинский женский монастырь.
В 1886 году вместо Ильинской на средства собора была построена новая церковь, освященная во имя чудотворной иконы Казанской Божьей Матери.
В начале 1930-х гг., после закрытия Никольского собора, кладбищенская церковь стала приходской, а к концу 1930-х гг. она оставалась единственной действующей в Татарстане за пределами Казани.
Не закрывался храм и позже, оставаясь центром духовной жизни большого региона.
Является единственной церковью в закамском регионе Татарстана, которую не закрывали.
В 1982-1987 гг. приходской совет под видом реконструкции выстроил вместо деревянной церкви, пришедшей в ветхость, новую из белого кирпича.
Казанско-Богородицкая церковь является действующей.