В 1723 году в Казани была основана архиерейская элементарная школа.
Положение Казанской епархии, населённой преимущественно инородцами-иноверцами, подвигло митрополита Тихона к привлечению в духовную школу детей из недавно обращённых иноверческих семей, чтобы они после окончания учебного заведения послужили делу просвещения среди ещё не обращённых своих соплеменников.
В 1733 году славяно-латинская школа, благодаря деятельности архиепископа Казанского Илариона (Рогалевского), была преобразована в семинарию по образцу Киевской духовной академии, доставившей сюда и первых учителей. В ней преподавались риторика, философия и богословие, а в конце XVIII века также история, география, математика и новые языки.
В 1797 году семинария преобразована в академию с высшим богословским курсом в духе того времени; в силу местных нужд преподавался здесь и татарский язык.
В царствование Александра I при деятельном участии Казанского архиепископа Амвросия (Подобедова) в семинарию была введена новая методика преподавания, одобренная для народных училищ.
В результате реформы образования Казанская духовная академия 21 сентября 1818 года была закрыта, в Казани предполагалось оставить лишь только семинарию, сделав её подотчётной Санкт-Петербургской духовной академии.
Открытие академии вновь последовало в 1842 году, сперва в Спасском монастыре, потом в особом загородном помещении.
После революции была закрыта.
Корпуса семинарии (академии) в XVII-первой половине XDC в. часто перестраивались и столь же часто горели.
В 1735 г. семинария разместилась в выстроенных первых этажах, а в 1742 г., вскоре после завершения строительства, здания были сильно повреждены пожаром. Кроме того, семинария горела в 1759, 1762, 1765, 1774, 1797, 1815гг. К 1842г. все три корпуса были трехэтажными. Корпус на углу улиц Кремлевской и Чернышевского, где жили преподаватели— "учительский". Центральный корпус, выходящий на улицу Воскресенскую (ныне Кремлевская)-занимали учебные помещения, церковь, библиотека. Корпус именовался "лукинским" в честь архиепископа Луки (Конашевича), которому принадлежала основная заслуга в строительстве семинарии. Корпус на углу Воскресенской и Петропавловского переулка (ул. Джалиля) -"ученический", здесь жили семинаристы.
В 1842г. здания сильно пострадали от очередного пожара. Разрушения были так велики, что и речи не было о скором восстановлении. Семинария переехала в здание Духовного училища (ныне ул. Маркса, 9а), а судьба семинарских зданий на Воскресенской решалась долго. Синод решил построить семинарский городок на даче "Подсека", а сгоревшие корпуса перестроить под лавки как продолжение расположенного рядом Гостиного двора. Предполагалось сдавать их в аренду, а собираемые деньги тратить на содержание семинарии Дело затягивалось, не хватало денег, несколько проектов было отвергнуто. Наконец в 1862-1865 гг. подрядчик Мартын Максимович Данилов, по проекту архитектора Павла Алексеевича Солнцева и под наблюдением архитектора Гессе, осуществил перестройку. Третьи этажи были снесены, все корпуса соединены, образовалось двухэтажное здание протяженностью в целый квартал по Воскресенской. Колоннада по этой улице, сгоревшая в 1842 г., больше не восстанавливалась В 1865 г. здесь началась торговля. Но намерения церковных властей изменились, и в 1868 г. семинария вернулась на Воскресенскую, купцам остались лишь лавки на первом этаже. С этого времени и до закрытия в 1918г. семинария не переезжала. В 1880г. во дворе корпуса, выходящего на Петропавловский переулок, была пристроена колокольня семинарской церкви, впоследствии утраченная. Она хорошо видна на старинной фотографии. В остальном, здание не претерпело больших изменений с 1868 г. Сейчас в нем расположен геологический факультет Казанского университета.
На стенах здания можно увидеть памятные таблички, например геологический факультет КГУ окончил известный российский кинорежиссёр Станислав Говорухин.