Казанский кремль прошел в своем многовековом развитии целый ряд исторических этапов, всегда оставаясь центром притяжения окружающего края.
Благоприятные природно-географические условия данной местности издавна привлекали внимание первобытных обитателей края. Кремлевский холм в свое время был с трех сторон окружен водой. С востока он был обрамлен цепью озер, впадающих в реку Казанку, омывающую холм с севера. Полоса топких болотистых лугов, расположенных на противоположном берегу Казанки, за которыми тянулись дремучие леса, служила дополнительной преградой против нашествия врагов с северо-запада. С запада и юго-запада крепость защищал илистый Булак.
Процесс заселения Кремлевского холма шел с глубокой древности. Наиболее ранние находки, обнаруженные в кремле, относятся к эпохе мезолита. Такие находки как керамика, обломки сверленного боевого топора и др. свидетельствуют об освоении этой местности и в эпоху бронзы. Появление в VIII веке на Средней Волге булгарских племен неразрывно связано с дальнейшим развитием истории данного региона.
В IX–Х веках в районе вдоль русла реки Казанки идет процесс формирования оседлых поселений, в том числе и древней Казани.
Возведение укреплений начинается с северной оконечности Кремлевского холма и относится к рубежу Х–ХI веков. С южной стороны также была сооружена мощная линия укреплений. Она состояла из крутого рва-оврага шириной 14 метров и глубиной 4 метра, а также земляного вала шириной в основании 12 метров и высотой до 3 метров с проездными воротами. Восточная и северная линии укреплений в виде частокола бревен диаметром 20–25 см. с заостренными обожженными концами шла по краю холма. Застройка города была неплотной и не имела определенной системы.
В домонгольский период, с XI века по первую половину XIII века, Казань развивалась как военно-торговое поселение.
Уже в XII веке Казанский кремль становится каменным форпостом на северной границе Волжской Булгарии. На месте прежних деревянных укреплений уже стояли достаточно мощные белокаменные стены толщиной около 2 метров, которые просуществовали до эпохи Казанского ханства. За пределами крепости функционировал ремесленный посад.
Со второй половины XIII века до первой половины XV века кремль превращается в центр Казанского княжества в составе Золотой Орды.
После распада Золотой Орды Казанский кремль — военный и административный центр Казанского ханства, независимо просуществовавшего в период 1438–1552 г. г.
В середине XV века по восточному и северному склонам прежние укрепления прекратили свое существование. Позднее, в период Казанского ханства, эта часть стены была восстановлена. Южная линия укреплений продолжала функционировать без значительных изменений также до середины XV века. Ров с этой стороны также сохранялся, но его глубина из-за постепенного заполнения грунтом, строительным и бытовым мусором уменьшилась до 3 м.
Во второй половине XV в. — первой половине XVI века Казанская крепость выходит за пределы прежних укреплений. Внутри крепости, где археологами зафиксированы следы 7 улиц, происходит уплотнение застройки, появляется ханский двор, строятся крупные кирпично-каменные здания. Это — Ханский дворец, Ханская мечеть, мечеть Кул Шариф, Ханские мавзолеи.
В городе жили ремесленники: металлурги, кузнецы, плотники, каменщики, кожевенники, ювелиры, гончары и др. В результате археологических исследований на территории кремля были обнаружены большие производственные помещения по изготовлению кожи и кожевенных изделий. В районе разрушенной Северо-восточной башни кремля располагались металлургические (медеплавильные) горны.
В 1552 году в результате длительной осады войсками Ивана Грозного и штурма Казань подверглась разрушению. Наглядное отражение трагедии города можно увидеть в археологических материалах. Слой пожара в культурных отложениях черной линией разграничивает жизнь ханской Казани от последующей. Следами штурма являются многочисленные каменные ядра, находимые до сих пор при раскопках в центральной части Казани. Об интенсивности боев свидетельствуют многочисленные пищальные пули и наконечники стрел из археологических раскопок.
Многие защитники крепости погибли в кровопролитных боях, а оставшееся татарское население было выселено за пределы укреплений. Начинается процесс активного заселения Казани и ее окрестностей русскими переселенцами. Происходит смена культурных традиций, формируется новый уклад городской жизни. Остатки былого величия столицы уничтожались, приспосабливались русскими поселенцами под новый город. Постепенно город расширяется. Площадь посадов разрастается почти в два раза. К началу XVII века число дворов увеличивается до двух тысяч. В этот период окончательно определяются границы стен кремля, сохранившихся поныне. Город становится одним из крупнейших городов России и является одной из наиболее укрепленных крепостей Русского государства, защищающих его восточные рубежи. В городе была сосредоточена административная и военная власть над обширнейшим завоеванным регионом. Здесь были собраны значительные вооруженные силы, позволяющие держать под контролем местное население.
Изменения коснулись и кремля. В 1556–1562 годах по поручению Ивана Грозного псковскими мастерами во главе с Постником Яковлевым и Иваном Ширяем, которые возглавляли строительство собора Василия Блаженного на Красной площади в Москве, началось строительство восстановление стен и башен кремля. Территория крепости была значительно расширена. Основная часть стен и башен кремля, как и посада, была из дерева. В общей сложности во вновь отстроенных стенах кремля насчитывалось 13 башен, из которых 5 были проездными. Шесть башен построили из камня. Окончательная замена деревянных оборонительных сооружений Казанского кремля на каменные происходит только через 30 лет — в 90-е годы XVI века.
Топография кремля сочетала в себе формирующуюся планировку построек русской крепости и сохраняла основные линии застройки булгаро-татарского времени.
В кремле в этот период насчитывалось шесть улиц. Три из них существовали с булгаро-татарского времени. Две такие улочки выявлены.
Застройка кремля была относительно плотной, но не достигала уровня периода ханства. В общей сложности во второй половине XVI века в кремле насчитывалось около 200 построек, из которых подавляющее большинство представляло собой подворья.
Строится большое количество православных храмов и монастырей. За 13 лет после взятия Казани в нем насчитывалось уже 8 храмов, из которых два каменных — Благовещенский собор и церковь Николы Чудотворного, а также два монастыря — Троице-Сергиевский и Спасо-Преображенский. Служителям культа в кремле принадлежало около 30 жилых дворов и большой архиерейский двор. Территория под церковными постройками и их дворами занимала почти половину кремля.
Одним из первых православных храмов, заложенных Иваном Грозным, является Благовещенский собор. Южнее Благовещенского собора располагались постройки архиерейского двора, использовавшие здания ханского времени — комплекс мечети и медресе Кул Шарифа. Эти здания продолжали использоваться до их полной разборки в 20-е годы XIX века. В раннерусское время на территории ханского двора отмечено существование пяти каменных зданий ханского времени, которые использовались в качестве складских помещений. В них хранили оружие, боеприпасы. Очень долго с некоторыми изменениями сохраняются Ханская мечеть и ханский дворец. Время окончательного их разрушения по письменным источникам и археологическим данным определяется началом XVIII века и совпадает со временем строительства Введенской церкви и башни Сююмбеки. В ходе археологических работ удалось установить, что башня Сююмбеки перекрывает более ранние ханские мавзолеи и Ханскую мечеть.
Таким образом, кремль конца XVI–XVII веков сохраняет свой средневековый облик, сочетавший в себе традиции булгаро-татарской культуры и влившейся в нее русской. Это сочетание можно увидеть в размещении укреплений, планировке улиц, в архитектуре зданий более поздних периодов, тоже отражающих в себе симбиоз культур.
После падения Казани стены и башни Казанского кремля были перестроены; жилые, присутственные и культовые здания царского двора и соборная мечеть Кул Шариф исчезли, уступив место русским казенным домам и православным храмам. Нельзя говорить о том, что Казанский кремль в середине XVI века вовсе утратил свой прежний многовековой облик. Поразительное единство его сложившегося за века зодческого ансамбля еще раз напоминает о том, что и древнерусское зодчество в своем историческом развитии испытывало влияние как западноевропейских, так и восточноазийских архитектурных традиций.
Коренные изменения в крепости были проведены в XVIII-XIX веках. После образования в 1708 году Казанской губернии Казань стала центром обширного края. В этот период на территории кремля были построены губернаторский дворец, здания присутственных мест для чиновников, юнкерское училище, реконструирован Благовещенский собор.
По мере продвижения границ русского государства на юг и восток Казанский кремль постепенно утрачивал военную функцию. Одновременно укреплялась его административная функция, что отражалось в его внутреннем архитектурном облике. Этот облик все больше терял исконно татарские черты, приобретая взамен черты русского и западноевропейского влияния. Татарское население Казани и в начале восемнадцатого века не имело свободного доступа в кремль.
Определенные утраты понес Казанский кремль в связи с его осадой войсками Е. Пугачева. Пугачевский штурм стал последним в военной истории Казанского кремля. Пугачевское восстание 1773–1775 годов вновь превратило Казанский кремль в крепость, которую восставшие обстреливали пушками в течение двух дней. 14 июля 1774 года войска Емельяна Пугачева были вынуждены отступить от Казани. Емельян Пугачев все же побывал в Казанском кремле — в одном из его казематов он содержался по пути в Москву.
Начиная с 1774 года архитектор В. И. Кафтырев начал воплощать в жизнь свой план городской застройки Казани. Комплексный план предусматривал возведение в кремле ансамбля Присутственных мест в рамках комплексной застройки окружающих кремль площадей и улиц. Искусная планировка позволила сохранить нетронутыми все наиболее крупные и значительные постройки, которые стали составной частью новой градостроительной схемы. Центральной точкой этой схемы остался Казанский кремль, от которого радиально отходили широкие улицы.
В 1922–1992 годах Казанский кремль продолжал выполнять свое предназначение как административный центр Татарской автономной республики.
В 1920–1930-х годах, когда шло уничтожение культовых зданий по всей стране, значительные потери в ансамбле понес и Казанский кремль.
В первой половине XX века начинается археологическое изучение кремля такими учеными как: Н. Бороздин, Н. Калинин, с 1976 года — А. X. Халиков. С образованием Татарской Реставрационной мастерской в 1960-х годах, началась работа по научной реставрации сооружений кремля под руководством архитектора С. С. Айдарова, затем — С. А. Козловой.
В 1992 году была образована Республики Татарстан в составе Российской Федерации. Казанский кремль стал резиденцией первого президента Республики Татарстан — Минтимера Шариповича Шаймиева.
В 1993–1994 годах под руководством архитектора С. С. Айдарова и историка-археолога А. X. Халикова были разработаны «Основные направления реконструкции и развития комплекса Казанского кремля».
22 января 1994 года Указом президента Республики Татарстан создается Государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник «Казанский кремль», положивший начало планомерному научному изучению комплекса кремля по всем направлениям. Первым его директором стал Ильдус Вахитов. Первоначально в штате музея-заповедника трудилось 7 человек.
Была проделана большая работа по реставрации и восстановлению объектов музея-заповедника. Тщательно отреставрирована большая часть оборонительных стен, три башни — Преображенская, Тайницкая, Воскресенская. Основания четырех ранее обрушившихся и разобранных башен были изучены археологами. Были выполнены их консервация и музеефикация. В комплексе бывшего Губернаторского дворца полностью отреставрирован Губернаторский дворец — позже Резиденция президента Татарстана, с возрождением дворцовой анфиладной планировки и парадной площади перед главным фасадом. Отреставрирована бывшая Введенская или Дворцовая церковь, сильно пострадавшая в советское время, когда в ней располагалась столовая. Остановлено с помощью укрепления фундаментов падение башни Сююмбике, которая отклонилась от оси почти на 2 метра. Консервации с музеефикацией подверглись несколько объектов XV–XVI веках в этой самой интересной части кремля: это археологические остатки одного из представительских зданий из комплекса ханского двора, ханской мечети, усыпальницы казанских ханов. Начато возведение мавзолея для перезахоронения останков ханов, извлеченных во время раскопок.
Были отреставрированы четыре здания, входящие в комплекс Пушечного двора. В комплексе Архиерейского двора выполнена работа по реставрации уникального архитектурного памятника — кафедрального Благовещенского собора.
Ярким примером воплощения многовековых традиций Казанского кремля в современных формах является мечеть Кул Шариф. Работы по ее воссозданию начались в 1996 году. Комплекс мечети был изначально запланирован в качестве не столько культового, сколько культурно-просветительского и мемориального центра. В нижнем этаже здания находится Музей Ислама.
В 2000 году Казанский кремль был включен в Список всемирного культурного и природного наследия ЮНЕСКО.