О существовании мавзолея казанских ханов было известно из древних рукописей, сохранившихся до наших времен, но его поиски успехами так и не увенчались.
Захоронение было совершенно случайно обнаружено в 1977 году во время прокладки ливневых труб под башней Сююмбике. Гидротехники, углубившись в землю примерно на 3 метра и наткнувшись на усыпальницы, прекратили работу и вызвали археологов. В результате экспертиз удалось выяснить, что обнаруженные останки относятся к концу XV-началу XVI веков.
Раскопки длились почти 10 лет, в результате удалось найти пять усыпальниц. Антропологические экспертизы с вероятностью в 90% определили, что останки в двух из них принадлежат казанским ханам Махмуду и Мухаммеду-Амину. Первый скончался в 1467 году, второй унаследовал правление и прожил до 1518 года.
Ученым также удалось определить создателя мавзолея, им оказался хан Махмуд. Изначально усыпальницы находились в здании из белого камня, которое было разрушено в XVII веке. Две из богато расписанных деревянных гробниц, обитых кожей и серебряными гвоздями, сохранились в хорошем состоянии до наших времен.
Сегодня мавзолей казанских ханов музеефицирован. Над двумя наиболее сохранившимися усыпальнями подготовлен стеклянный купол, надежно защищающий их от любого внешнего воздействия, но позволяющий хорошо их видеть. Посещение и поклонение свободно для всех посетителей Казанского кремля, можно увидеть Мавзолей казанских ханов внутри, соблюдая важное правило: у святыни следует вести себя тихо, запрещены любые разговоры и смех — это дань уважения к предкам — великим правителям и воинам.