Музей располагается в родительском доме будущего художника. Здесь. И.И.Шишкин провел свои детские и юношеские годы. Дом был построен его отцом, елабужским купцом 2-ой гильдии И. В.Шишкиным. После смерти отца дом пришёл в наследование его дочери - Анне Ивановне Репиной. 
В конце 1930 годов внучка Анны Ивановны - Ольга Павловна Гвоздева, безвозмездно передала усадьбу государству, с пожеланием, чтобы в нем создали музей художника.