Музей построен на месте дома, где родился Р.Фахреддин, и представляет собой деревенскую избу в национальном татарском стиле. Основу фондов составляют мемориальные предметы и документы, которые изначально были собраны основателем музея, краеведом С. Фархутдиновым. За последние годы музей пополнился материалами из семейного архива Фахреддиновых и архива М. Рахимкуловой - исследователя деятельности Р. Фахреддина в г. Оренбург. Наибольший интерес у посетителей вызывают прижизненные издания ученого, имеющие энциклопедическую ценность, среди которых имеются такие, как «Знаменитые женщины», «Ахмед бай», «Марджани», «Асар», «Комментарии к изречениям пророка Мухаммеда» и т.д.