Музей истории Агрызского района был создан 18 декабря 1997 года на основании постановления Главы Администрации Агрызского района Республики Татарстан № 33 от 16 февраля 1998 года. Эта дата была официальной датой открытия музея. Идея создания музея возникла ещё в конце 80-х годов у бывшего директора средней школы № 76 (ныне школы № 3) - Репина Валентина Ивановича, который вел большую собирательскую работу по истории Агрызского района.
В формирование музейного собрания было несколько этапов. Первый этап начался ещё до открытия в городе музея. На этом этапе начали собирать коллекции по этнографии и нумизматики. В это же время начался сбор материалов об интересных людях Агрыза и Агрызского района.
Следующий этап в собрании музейной коллекции начался после официального открытия, в декабре 1997 года. Был продолжен сбор коллекций нумизматики, этнографии и предметов быта, а так же сбор коллекций фотографий и документов об выдающихся людях нашего района - о работниках сельского хозяйства, об участниках гражданской и Великой Отечественной войны 1941-1945 гг., о Героях Советского Союза, уроженцах Агрызского района, о наших писателях - земляках, об учителях и о знаменитых железнодорожников. Также был начат сбор материалов по истории одного из первых предприятий Агрыза - кирпичного завода (АЗСМ) и об истории других предприятий города. В эти же годы в фондах музея появился материал о школе № 76 (бывший военный госпиталь в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг.). Был начат сбор коллекций пластинок. Третий этап формирования коллекций начался после построения экспозиции по истории Агрызского района. Он был направлен на то, чтобы дополнить разделы экспозиции новыми интересными материалами. В этот период был собран материал по экологии, выпущенный к Республиканскому семинару по экологии. Из архива администрации Агрызского района была передана копия документа об образовании Агрыза в 1646 году, а также фотоальбомы со всеми мероприятиями, проходившими в городе и в районе. В фондах музея был собран материал по образованию школ Агрызского района, по культуре, о заслуженных учителях РТ, о заслуженных работниках культуры РТ, а также о заслуженных работниках здравоохранения, торговли и т. д. В дар музею были переданы коллекции личных вещей писателей и композиторов. Кроме этого был собран материал о предприятиях города, те самым дополнился имеющийся фонд.
Но на этом этапе формировании коллекций нашего музея не было приостановлено, оно было продолжено.
В 2007 году музей переехал в новое помещение, в здание средней школы № 4 г. Агрыз. С этого времени велась работа по созданию новой экспозиции музея, посвященной к 70-летию города Агрыза.
В сентябре 2008 года экспозиция музея была открыта для посетителей. В новой экспозиции были освещены периоды развития города, его учреждений и организаций. Также показаны фрагменты национального наследия, начиная с древности, и по сей день: останки древних вымерших животных; национальные костюмы проживающих в городе и в районе народов; фрагменты эпохи гражданской войны и воспоминания времен Великой Отечественной войны (оружия, вещи, медали и т.д.). Созданы экспозиции «Чайхана и торговая лавка», в которой показана вся самобытность и индивидуальность жизни и быта горожан прошлых столетий.
Восстановлена экспозиция «Крестьянская изба», которая показывает все трудности, и прелести жизни крестьян того времени. В 2011 году на основании постановления руководителя исполнительного комитета Агрызского муниципального района РТ № 11 от 19 января 2011 года было создано муниципальное бюджетное учреждение культуры «Музей истории и культурного наследия Агрызского муниципального района» Республики Татарстан. В структуру учреждения входят следующие филиалы: музей Тази Гиззата, музей истории села Салауши, музей истории деревни Табарли и музей истории деревни Иж-Бобья.
В августе 2015 года музей переехал в отдельное здание с прилегающей территорией и с фондохранилищем. С момента переезда велась работа по созданию новой экспозиции музея. В начале октября двери музея были открыты для посетителей. Фонд МБУК «Музей» насчитывает 9940 ед.хр., из них 9394 ед.хр. основной фонд и 546 ед.хр. научно-вспомогательный фонд.