Время создания зоологического музея Казанского университета условно относится к первой половине 19 в. Точкой отсчета принято считать создание «Натурального кабинета», который, согласно уставу того времени, имелся в каждом высшем учебном заведении. Но подлинная история коллекции началась задолго до этого события.
Произошло это во времена правления Екатерины Великой, когда по приказу русской императрицы светлейший князь Григорий Александрович Потемкин-Таврический (1739 — 1791) готовился к открытию в городе Екатеринославе нового вуза. Григорий Александрович активно закупал за границей чучела редких млекопитающих, земноводных, рептилий, рыб и пернатых.
После кончины Екатерины II в 1796 г. взошедший на престол Павел I отменил указ почившей императрицы. В 1798 г. он приказывает перевести собрание зоологических экспонатов в императорскую гимназию в Казани. А в ноябре 1804 г. царствующий в то время Александр I подписал указ об учреждении Казанского Императорского университета, который открыл свои двери для студентов в учебных корпусах императорской гимназии.
Вначале смотрителем зоологического собрания был доктор медицины и естественных наук Карл Федорович Фукс (1776 — 1846). По его распоряжению фонды учебного заведения пополнились конхиологической коллекцией, состоящей из 578 раковин.
Крупнейший вклад в создание зоологического музея внес российский натуралист, член-корреспондент СПбАН Эдуард Александрович Эверсман (1794 — 1860). Во время его службы ординарным профессором зоологии и ботаники в Казанском университете музей систематический пополняется новыми зоологическими коллекциями, которые он вместе со своими студентами привозил из регулярных экспедиций. В то же время составляется подробная опись вещей, принадлежащих «Натуральному кабинету», которую принято считать первым каталогом зоологической коллекции музея.