Он был основан как Казанский городской научно- промышленный музей в 1894 году и открыт 5 апреля 1895 года.
В основу музея положена частная 40-тысячная коллекция Андрея Фёдоровича Лихачёва ( гг.), известного в крае археолога, историка, коллекционера, а также экспонаты научно- промышленной выставки 1890 г. В основу музея положена частная 40-тысячная коллекция Андрея Фёдоровича Лихачёва ( гг.), известного в крае археолога, историка, коллекционера, а также экспонаты научно- промышленной выставки 1890 г. У истоков формирования музейных коллекций стояли видные учёные Казанского университета: А.А. Штукенберг, Н.П. Загоскин, П.И. Кротов, Н.Ф. Высоцкий, Н.Ф. Катанов и др. Активно пополняли фонды музея казанские коллекционеры и меценаты: И.Ф. Лихачёв, Ф.А. Лихачёв, В.И. Заусайлов, О.С. Александрова-Гейнс, Г. Галеев (Баруди), Д.И. Образцов и др. У истоков формирования музейных коллекций стояли видные учёные Казанского университета: А.А. Штукенберг, Н.П. Загоскин, П.И. Кротов, Н.Ф. Высоцкий, Н.Ф. Катанов и др. Активно пополняли фонды музея казанские коллекционеры и меценаты: И.Ф. Лихачёв, Ф.А. Лихачёв, В.И. Заусайлов, О.С. Александрова-Гейнс, Г. Галеев (Баруди), Д.И. Образцов и др.