На начальном этапе строение было деревянным и в 1741 году было практически полностью уничтожено пожаром. Эти события послужили толчком к строительству храма с каменными стенами, который стал доступен для посещения прихожанами с 1756 года.
Деньги на выполнение работ по строительству архитектурного комплекса, состоящего из главного храма, трапезной, шатровой колокольни, церкви им. Андрея Первозванного и нескольких одноэтажных построек выделили меценаты И. А. Михляев и С. А. Чернов.
Что касается внутреннего убранства храма, то он претерпел несколько изменений. Поначалу здесь были старинные иконы, стены, украшенные росписью с изображениями святых, а все купола инкрустированы позолотой.
После революции 1917-го религиозный памятник некоторое время использовался как склад. Позже его помещение было переоборудовано под спортзал, а колокольня использовалась для размещения мастерских и мест для торговли.
К концу ХХ столетия знаменитый собор на Баумана имел только один центральный барабан, однако в ходе реставрационных работ, которые, к слову говоря, ведутся до сих пор, все пять глав были полностью восстановлены.
На сегодняшний день в интерьере Богоявленской церкви не сохранилось ни единой древней реликвии, все иконы, а также иконостас – современные.