Ризаитдином Фахретдиновым написаны повести «Салима, или Целомудрие» (1889), «Асма, или Проступок и наказание» (1903), в которых выступает сторонником приобщения народа к передовой европейской культуре, поднимает проблему эмансипации женщины. Важнейшее место в наследии Ризаитдина Фахретдинова занимает многотомная историко-библиографическая книга «Асар» («Асар»), посвященная жизни и творчеству ученых, деятелей культуры и просвещения народов Востока, над которой он работал в течение нескольких десятилетий.