В 1995 году Богоявленский собор включён в Перечень объектов исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения как памятник градостроительства и архитектуры.
В 1996—1997 годах Богоявленский собор возвращён Русской православной церкви. С тех пор в храме ежедневно совершается богослужение.
Колокольня осталась в ведении Министерства культуры Татарстана, в ней расположился выставочный зал древнерусского искусства Государственного музея изобразительных искусств Республики Татарстан. В 2001 году в колокольне был открыт камерный Шаляпинский зал.