Первое упоминание о часах с кукушкой восходит к 1629 году, когда аугсбургский аристократ Филипп Хайнхофер преподнёс подобные часы Августу, курфюрсту Саксонии. В 1650 году Атанасиус Кирхер в музыкальном руководстве «Museo Kircheriano» описал механический орган, снабжённый автоматизированными фигурками, среди которых была и кукушка.
Тем не менее, родиной традиционных часов с кукушкой считается немецкая земля Шварцвальд. Первые такие часы были изготовлены местными умельцами в период с 1740 по 1750 год. Необычные часы быстро завоевали популярность в регионе, где уже к середине XVIII века действовало несколько часовых мастерских, изготавливающих часы с деревянным механизмом. Привычный ныне внешний вид в виде сказочного домика, украшенного листьями, шишками и прочими декоративными элементами, часы обрели в середине XIX века.
Голосовой механизм, установленный почти в каждом виде часов с кукушкой, появился к середине XVIII века и с тех пор остался почти без изменений до настоящего времени.