Музей был основан в 1980 году и является объектом культурного наследия республиканского значения. Прошлое Елабуги, богатое именами и событиями, представлено в экспозиции «Елабуга. На пути к тысячелетию». Археологические материалы и исторические документы рассказывают о возникновении болгарского поселения городского типа, о занятиях жителей села Трехсвятского, основании уездного города Елабуги в составе Вятского наместничества и развитии в нем купеческого сословия.
В Музее истории города представлена история Елабуги и края с древнейших времен. Экспозиция музея "Елабуга 1000-летняя" рассказывает об истории Елабужского края, начиная с Ананьинского периода (VIII - III тыс. до н.э.) вплоть до наших дней.