Музейное дело зародилось в Елабуге в конце XIX века, первое упоминание о музее встречается в Вятских губернских ведомостях за 1898 год.
25 августа 2007 года состоялось торжественное открытие музея, которое стало возможно благодаря участию первого Президента Республики Татарстан М.Ш. Шаймиева и поддержке премьер-министра Р.Н. Минниханова. Обновленный музей разместился в великолепном особняке купца Николаева на улице Казанская, и сочетает в себе классические музейные традиции, в тоже время является необычным, современным музейным комплексом.
Большие просторные залы, доступная среда, тематическое разнообразие комплекса и современные информационные технологии нацелены на самый широкий круг посетителей.
Только здесь можно совершить увлекательное путешествие во времени вместе с героями популярного анимационного сериала «Стрела наследия» — Романом и Зулейхой. Видеокомиксы «Путешествие в глубь веков» и «Уездный город» в доступной для разных возрастных категорий форме рассказывают об истории Елабужского края.
В шести залах Музей собрал различные тематические экспозиции: археологии, этнографии, геологии, природы и истории развития края. Экспозиция зала природы и археологии охватывает колоссальный временной отрезок с периода формирования ландшафта края более десяти тысяч лет назад и до середины XVI века — момента присоединения Казанского ханства к Московскому княжеству.
Экспозиции Музея истории города, посвящены, как не трудно догадаться, тысячелетнему прошлому Елабужского края. Повествование начинается с далеких времен эпохи расцвета Ананьинской культуры (I тысячелетие до нашей эры) и постепенно раскрывает перед посетителями основные вехи исторического пути развития Елабуги вплоть до современного времени. В залах природы и археологии можно ознакомиться с особенностями географического расположения края, а также увидеть разнообразные виды животного и растительного мира этого района.
В экспозициях музея посетителям представлены исторические реконструкции жилищ того периода, орудия труда, воинские доспехи и оружие, фрагменты глиняных предметов быта, которые были найдены входе археологических раскопок в районе Елабуги.
Первые постройки городского типа в этом районе появились на рубеже 9-10 столетий. В этот же период высокий правый берег Камы был выбран для строительства крепости, которая выполняла несколько функций: помимо обычной для крепостных сооружений оборонительной роли, она еще являлась караван-сараем и мечетью. К настоящему времени от некогда могущественных сооружений осталась одна башня, которая является немым свидетелем 1000-летней истории Елабуги.
О таком древнем возрасте города свидетельствуют археологические находки, выставленные в экспозиционных залах музея. Среди экспонатов можно увидеть: бронзовые изделия, как бытового назначения, так и женские украшения; фрагменты керамических изделий; одежду и вооружение болгарских воинов; одежду эпохи Золотой орды и Казанского каганата.