Идея создания музея истории одного из старейших университетов России была высказана в первый послевоенный год в университетской газете «Ленинец» студентом историко-филологического факультета Ефимом Бушканцем (впоследствии профессор Казанского педагогического института, доктор филологических наук). Однако прошло более тридцати лет, прежде чем эта идея осуществилась.
Музею было выделено одно из самых примечательных помещений главного корпуса университета, которое имеет интересную историю. В конце XVIII века на окраине Воскресенской улицы (ныне улица Кремлевская) был выстроен двухэтажный дом для губернатора. В 1798 году этот дом передали Первой Императорской Казанской гимназии; в его западной части разместились классные комнаты и физический кабинет. В 1825 году после завершения строительства по проекту архитектора П.Г.Пятницкого университетского корпуса, соединившего здание гимназии с «тенишевским» домом (так он назывался по имени прежнего владельца), это помещение было перестроено в церковь. После 1917 года она использовалась как физкультурный зал, в 1941-1943 годах в ней оборудовали общежитие для эвакуированных сотрудников Академии Наук СССР из Москвы и Ленинграда; позднее в течение двух десятилетий здесь работал один из читальных залов Научной библиотеки имени Н.И.Лобачевского.
Работа по созданию музея началась в сентябре 1978 года. Университет готовился к своему 175-летию.
Сегодня музей известен не только в Казани, но и в России и за ее пределами, он стал важнейшим центром пропаганды отечественной науки и культуры, крупнейшим центром культурной жизни города.